2020年– date –

GitHubって聞いたことありますか？ソフトウェア開発をしている方なら常識でしょうが、非エンジニアにとっては全く知らない人が大多数だと思います。 GitHubとは、本来はソフトウェア開発におけるソースコード(＝プログラミング言語で書かれたソフトウェア...

生物系に限らず研究者にとってはラボノート(実験ノート)は日々の研究の記録していく上で必須のものですよね？それは医者にとってのカルテのような存在で、単にデータをまとめるだけではなく時としては研究不正をしていないことを証明するためのものにもな...

ここでは、シークエンスデータを表す各種のファイル形式について説明します。BiopythonではSeqRecordオブジェクトとしてシークエンスデータを扱いますが、それぞれのファイル形式がSeqRecordオブジェクトにどのように変換されるのかを示します。 バイオイ...

ここでは、「WindowsユーザーのためのPythonを用いたゲノム解析環境」で構築した環境で、ゲノムデータの取得方法を説明します。 バイオインフォマティクス環境 以下の方法で構築した環境であることを前提として説明します。 Windows10 + WSL (Windowsユー...

バイオインフォマティクスの解析はLinuxやそれをベースとしたmacを用いて行われることが一般的ですが、圧倒的に多くの人は普段Windowsを使っていますよね？「Windowsでゲノム解析ができないの？」と一度は皆さん思ったのではないでしょうか？ このサイトで...

androidでもiOSでも、そしてWindowsでもフリーアプリの収益化のための広告プラットフォームが用意されています。androidやiOSで優秀なフリーアプリが多くあるのは、このような広告プラットフォームで広告が供給されているおかげというわけですね。 しかし...

「アプリ開発ノート」ということで、まずは今まで書く機会もなかった日記アプリのLife Story 365の開発について記録を残しておこうと思います。 [toc] Life Story 365の開発の経緯 もともとパソコンを使って日記を書いたりしていたのですが、既存の日記ソ...

放射線治療におけるプランデータを格納するDICOM-RTデータの扱い方を説明します。 [toc] サンプルデータの準備 Pydicomには放射線治療で使われるDICOM-RTのサンプルも含まれています。プランデータのサンプルは'rtplan.dcm'です。 import pydicom path = p...

Pydicomを用いてDICOMファイルを開き、画像とメタデータを取得する方法を説明します。 [toc] DICOMファイルを読み込む ここではテストデータの「CT_small.dcm」を用います。get_testdata_file関数でファイルパスを取得し、dcmread関数でファイルをFileData...

DICOM画像を用いたプログラムを書く際に最初の関門はDICOM画像を取得することです。実臨床の患者データは当然外に持ち出すことはできませんが、開発環境にDICOMデータをコピーできないとプログラムのデバッグができませんよね？そこで、ここではテスト用に...