7月, 2020 | BioTech ラボ・ノート

公開日： 2020年7月28日 / 最終更新日： 2020年7月28日

今行えるBNCTによるがん治療 (2020/7/28 現在)【BNCT】

BNCTは2020年6月より保険診療としての治療が開始されました。今まではあくまでも研究段階としての治療だったのがいよいよ実用段階の治療となり、今後のさらなる進化が期待されています。また、それに伴って昨年度まで行われてきた京都大学複合原子力科学研究所の原子炉を用いたBNCTは終了しました。

ここでは、今の段階でBNCTを用いて実施できるがん治療について紹介していきます。

公開日： 2020年7月27日 / 最終更新日： 2020年7月27日

PCR検査陽性で実際にコロナに罹っている確率は？ ― 感度・特異度・適中率の関係

感度70%の検査で陽性になったということは、70%の確率でその病気に罹患しているということでしょうか？あるいは、特異度99%の検査で陰性になったということは、99%の確率でその病気ではないということでしょうか？実はこれは誤解で、感度・特異度ではその病気に罹患している確率はわかりません。検査結果からその病気に罹患している確率を表すのは陽性適中率という指標になります。

ここでは最近話題になっている新型コロナウイルス感染症を題材にして、検査における感度・特異度と陽性適中率・陰性適中率の関係について説明していきます。

公開日： 2020年7月20日 / 最終更新日： 2020年7月20日

MS Excelファイル (xls形式、xlsx形式) のDataFrameへの読み込み・書き込み【Python】

Excelは多くの方が使い慣れたソフトウェアであり、簡易的なデータベースとしても使えることから、データ解析のデータがExcelファイルで保存されていることがよくあります。ここでは、ExcelファイルのデータをDataFrameに読み込む方法と、DataFrameからExcelファイルへ出力する方法を説明していきます。

開発環境

Python 3.7.7
Pandas 1.0.3

公開日： 2020年7月19日 / 最終更新日： 2020年7月20日

MS Accessファイル (accdb形式) へのアクセス【Python】

統計解析する元データはcsvやExcel形式など様々な形式で収集されますが、Excelのデータは必ずしも解析に適した形で保存されているとは限りません。また、ビッグデータを扱うような巨大なデータベースの場合は、Excelでデータを保存するのは無理があります。そのような場合は、汎用形式ではなくデータを扱うために設計された専用のデータベース形式を用いてデータを集積するのが一番です。ここでは身近なデータベースソフトとしてMicrosoft Officeに含まれているAccessを使ってみましょう。

Microsoft Accessのデータベース形式は.accdb形式ですが、それをPythonからアクセスする方法を説明します。

なお、データベースを扱うためには、SQLの知識があった方がよいですが、ここで説明するように一度pandas.DataFrame形式として読み込んでしまえばSQLの知識はなくても解析できます。

開発環境

Python 3.7.7
Pandas 1.0.3
pyodbc 4.0.30

公開日： 2020年7月17日 / 最終更新日： 2020年7月17日

京都大学の原子炉を用いた医療照射は終了しました【BNCT】

BNCTの研究・臨床は今まで京都大学の原子炉（京都大学複合原子力科学研究所）を中心として行われてきて、その発展に重要な役割を果たしてきました。そして、病院でのBNCTの実現に向けて加速器を用いたBNCTも京都大学と住友重機械工業、ステラファーマが共同で開発を行い、2020年6月にはついにそれを用いた保険診療が開始されるに至りました。それをもって、京都大学におけるBNCTの医療照射は終了し、今後は関西BNCT共同医療センターと南東北BNCT研究センターにて保険診療としてのBNCTが開始されます。