NcbitblastnCommandline クラス (Bio.Blast.Applications モジュール)
class NcbitblastnCommandline(_NcbiblastMain2SeqCommandline)
継承関係：Application.AbstractCommandline → _NcbibaseblastCommandline → _NcbiblastCommandline → _Ncbiblast2SeqCommandline → _NcbiblastMain2SeqCommandline → NcbitblastnCommandline
[toc]目次
特殊メソッド
__init__(cmd=’tblastn’, **kwargs)
BLASTのtblastnコマンドを表すインスタンスを生成します。
**kwargsに指定する引数とtblastnコマンドのオプションとの対応は次のようになります。(source codeをもとに作成)
| 引数 | tblastnオプション | データ型 | デフォルト値 | 説明 |
|---|---|---|---|---|
| task | -task | |||
| db_gencode | -db_gencode | |||
| frame_shift_penalty | -frame_shift_penalty | |||
| max_intron_length | -max_intron_length | |||
| matrix | -matrix | |||
| threshold | -threshold | |||
| comp_based_stats | -comp_based_stats | |||
| seg | -seg | |||
| ungapped | -ungapped | |||
| use_sw_tback | -use_sw_tback | |||
| in_pssm | -in_pssm |
以下の継承元のクラスで定義された引数も指定することができます。
コメント