Biopython ライブラリ
[APIドキュメント]
Bio.Affy Affymetrix(マイクロアレイ解析)に関連したデータ(celファイルなど)を扱うライブラリ Bio.Align 配列アラインメントを扱うコードに関するライブラリ Bio.AlignIO 複数の配列アラインメントをオブジェクトとして入出力するライブラリ Bio.Alphabet 配列オブジェクトで使われるアルファベットについて配列のタイプなどを宣言するためのライブラリ (非推奨・削除予定) Bio.Application Biopythonからアプリケーションにアクセスするための仕組みを提供するライブラリ Bio.Blast BLASTのプログラミングとその出力を扱うコードに関するライブラリ Bio.Cluster クラスター解析に関するライブラリ Bio.Data バイオデータを扱うためのライブラリ Bio.Emboss EMBOSSプログラムに関する有用なツールを提供するライブラリ Bio.Entrez ウェブを通してNCBIデータベースにアクセスするためのライブラリ Bio.ExPASy ウェブを通してExPASYデータベースにアクセスするためのライブラリ Bio.FSSP FSSPファイルを扱うためのライブラリ Bio.GenBank GenBankフォーマットファイルを扱うためのライブラリ Bio.Geo NCBI GEOファイルを扱うためのライブラリ Bio.Graphics 解析結果の可視化をするためのライブラリ Bio.KEGG KEGGデータベースにアクセスするためのライブラリ Bio.LogisticRegression ロジスティック回帰のためのライブラリ Bio.Medline NCBI Medlineを扱うためのライブラリ Bio.NMR NMRデータを扱うためのライブラリ Bio.PDB PDBデータを扱うためのライブラリ Bio.Pathway パスウェイ解析に関わるライブラリ Bio.Phylo 系統樹を扱うためのライブラリ Bio.PopGen 集団遺伝学に関するライブラリ Bio.Restriction 制限酵素分析に関するライブラリ Bio.SCOP タンパク質立体構造分類データベース(SCOP)を扱うためのライブラリ Bio.SVDSuperimposer SVDを用いて、タンパク質構造を別のものにアラインメントするライブラリ Bio.Seq アルファベットで記述された配列情報を表すオブジェクトを定義するライブラリ Bio.SeqFeature 配列データに埋め込まれたFeature情報を扱うライブラリ Bio.SeqIO SeqRecordオブジェクトの入出力に関わるライブラリ Bio.SeqRecord アノテーション付きの配列情報を表すオブジェクトを定義するライブラリ Bio.SeqUtils 配列データを扱うための各種ユーティリティ Bio.Statistics 基本的な統計処理を行うライブラリ Bio.SubsMat Substitution matrixやlog odds matrix、そしてそれらの演算を行うライブラリ Bio.SwissProt SwissProtによるsprotXX.datファイルを扱うためのライブラリ Bio.TogoWS DBCLSのウェブサービスであるTogoWSにアクセスするためのライブラリ Bio.UniGene UnigeneのHs.dataファイルのようなフォーマットの解析するためのライブラリ Bio.UniProt UniProtファイルフォーマットを扱うためのライブラリ Bio.Wise Wise2パッケージツールの出力を扱うためのライブラリ Bio.bgzf BGZF圧縮されたファイルを扱うためのライブラリ Bio.codonalign コドンアラインメントを扱うためのライブラ Bio.kNN k近傍法による分類をするためのライブラリ Bio.motifs 配列のモチーフ解析を行うためのライブラリ Bio.pairwise2 動的計画法を用いてペアワイズアラインメントを行うためのライブラリ Bio.phenotype フェノタイプデータの入出力を行うためのライブラリ