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Bio.Entrez モジュール

Bio.Entrez モジュール

[APIドキュメント] [toc]

目次

サブモジュール

  • Bio.Entrez.Parser モジュール

グローバル変数

関数

efetch(db, **keywords)

@ [APIドキュメント] ↑

  • 引数
    • db : ダウンロードするデータベースの種類 <str>
    • **keywords : 指定可能な引数一覧はこちら
      • id : ダウンロードするファイルのUID、もしくはそのリスト <str>
        • UIDはdb引数で指定されたデータベースで定められているものを指定する必要があります。(使用可能なデータベース名の一覧のUID common nameで指定します)
        • ただし、シークエンスデータベース(nuccore, nucest, nucgss, popset, protein)におけるUIDはGI numberのほか、accession.version識別子も指定可能です。
      • retmode : 結果として取得するデータのフォーマットを指定するパラメータです <{‘text’, ‘XML’}>
      • rettype : 結果として取得するレコードのタイプを指定します <str>
        • retmode, rettypeの2つを指定することで戻り値のレコードタイプを指定します（指定可能な引数の組み合わせ一覧はこちら）
  • 戻り値
    • handle : Entrezから得られた結果 <io.TextIOWrapper>

ハンドルとして返されたEntrezの結果を取得します。

サンプルコード・解説記事

from Bio import Entrez
Entrez.email = "your_mail_address@sample.com" # 自分のメールアドレスを指定します
handle = Entrez.efetch(db='pubmed', id="19304878", rettype='abstract', retmode='text')
record = handle.read()
handle.close()
print(record)

from Bio import Entrez, SeqIO
Entrez.email = "your_mail_address@sample.com" # 自分のメールアドレスを指定します
handle = Entrez.efetch(db='nuccore', id='NC_045512.2', rettype='gb', retmode='text')
record = SeqIO.read(handle, "genbank")
handle.close()
print(record)

einfo(**keywds)

@ [APIドキュメント] ↑

  • 引数
    • **keywds : 指定可能な引数一覧はこちら
      • db : 情報を取得するデータベース名 <str>
  • 戻り値
    • handle : 指定されたデータベースの要約 <io.TextIOWrapper>

Entrezデータベースの要約を取得します。

引数に何も指定しない場合は、Entrezで取得可能なデータベースの一覧を返し、db引数を指定すると、そのデータベースについての統計情報を返します。

サンプルコード・解説記事

from Bio import Entrez
Entrez.email = "your_mail_address@sample.com" # 自分のメールアドレスを指定します
handle = Entrez.einfo()
record = Entrez.read(handle)
handle.close()
print(record)

from Bio import Entrez
Entrez.email = "your_mail_address@sample.com" # 自分のメールアドレスを指定します
handle = Entrez.einfo(db='pubmed')
record = Entrez.read(handle)
handle.close()
print(record["DbInfo"].keys())

esearch(db, term, **keywds)

@ [APIドキュメント] ↑

  • 引数
  • 戻り値

read(handle, validate=True, escape=False)

@ [APIドキュメント] ↑

  • 引数
    • read : NCBI Entrez Utilitiesから得られたXMLファイルをPythonオブジェクトへ変換します。 <io.TextIOWrapper>
  • 戻り値
    • record : XMLファイルから変換されたPythonオブジェクト <ListElement / DictionaryElement など>
      • DictionaryElementオブジェクト、もしくはそのリストで取得されます。

NCBI Entrez Utilitiesから得られたXMLファイルをPythonオブジェクトへ変換します。

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