_Ncbiblast2SeqCommandline クラス (Bio.Blast.Applications モジュール)
class _Ncbiblast2SeqCommandline(_NcbiblastCommandline)
継承関係：Application.AbstractCommandline → _NcbibaseblastCommandline → _NcbiblastCommandline → _Ncbiblast2SeqCommandline
NCBI BLAST+のラッパーのコマンドラインオブジェクトのための基底クラスです。
特殊メソッド
__init__(cmd=None, **kwargs)
**kwargsに指定する引数とBLASTコマンドのオプションとの対応は次のようになります。(source codeをもとに作成)
| 引数 | コマンドオプション | データ型 | デフォルト値 | 説明 |
|---|---|---|---|---|
| gapopen | -gapopen | |||
| gapextend | -gapextend | |||
| subject | -subject | |||
| subject_loc | -subject_loc | |||
| culling_limit | -culling_limit | |||
| best_hit_overhang | -best_hit_overhang | |||
| best_hit_score_edge | -best_hit_score_edge |