NcbiblastxCommandline クラス (Bio.Blast.Applications モジュール)
class NcbiblastxCommandline(_NcbiblastMain2SeqCommandline)
継承関係：Application.AbstractCommandline → _NcbibaseblastCommandline → _NcbiblastCommandline → _Ncbiblast2SeqCommandline → _NcbiblastMain2SeqCommandline → NcbiblastxCommandline
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特殊メソッド
__init__(cmd=’blastx’, **kwargs)
BLASTのblastxコマンドを表すインスタンスを生成します。
**kwargsに指定する引数とblastxコマンドのオプションとの対応は次のようになります。(source codeをもとに作成)
| 引数 | blastxオプション | データ型 | デフォルト値 | 説明 |
|---|---|---|---|---|
| task | -task | str | ‘blastx’ | Task to execute. <{‘blastx’ , ‘blastx-fast’}> |
| strand | -strand | str | ‘both’ | Query strand(s) to search against database/subject. <{‘both’, ‘minus’, ‘plus’}> |
| query_gencode | -query_gencode | int | 1 | Genetic code to use to translate query. |
| frame_shift_penalty | -frame_shift_penalty | int | Frame shift penalty. | |
| max_intron_length | -max_intron_length | int | Maximum intron length. | |
| matrix | -matrix | str | ‘BLOSUM62’ | Scoring matrix name. |
| threshold | -threshold | float | Minimum score for words to be added to the BLAST lookup table. | |
| comp_based_stats | -comp_based_stats | str | Use composition-based statistics for blastp, blastx, or tblastn. | |
| seg | -seg | str | Filter query sequence with SEG. | |
| ungapped | -ungapped | bool | Perform ungapped alignment only? | |
| use_sw_tback | -use_sw_tback | bool | Compute locally optimal Smith-Waterman alignments? |
以下の継承元のクラスで定義された引数も指定することができます。
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