NcbiblastnCommandline クラス (Bio.Blast.Applications モジュール)

[APIドキュメント]

class NcbiblastnCommandline(_NcbiblastMain2SeqCommandline)

継承関係：Application.AbstractCommandline → _NcbibaseblastCommandline → _NcbiblastCommandline → _Ncbiblast2SeqCommandline → _NcbiblastMain2SeqCommandline → NcbiblastnCommandline

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特殊メソッド

__init__(cmd=’blastn’, **kwargs)

@ [APIドキュメント] ↑

BLASTのblastnコマンドを表すインスタンスを生成します。

**kwargsに指定する引数とblastnコマンドのオプションとの対応は次のようになります。(source codeをもとに作成)

引数	blastnオプション	データ型	デフォルト値	説明
strand	-strand	str	‘both’	Query strand(s) to search against database/subject. <{‘both’, ‘minus’, ‘plus’}>
task	-task	str	‘megablast’	Task to execute. <{‘blastn’, ‘blastn-short’, ‘dc-megablast’, ‘megablast’, ‘vecscreen’}>
penalty	-penalty	int		Penalty for a nucleotide mismatch.
reward	-reward	int		Reward for a nucleotide match.
use_index	-use_index	bool	False	Use MegaBLAST database index.
index_name	-index_name	str		MegaBLAST database index name.
dust	-dust	str		Filter query sequence with DUST.
filtering_db	-filtering_db	str		BLAST database containing filtering elements (i.e. repeats).
window_masker_taxid	-window_masker_taxid	int		Enable WindowMasker filtering using a Taxonomic ID.
window_masker_db	-window_masker_db	str		Enable WindowMasker filtering using this repeats database.
perc_identity	-perc_identity	float		Percent identity.
template_type	-template_type	str		Discontiguous MegaBLAST template type.
template_length	-template_length	int		Discontiguous MegaBLAST template length.
no_greedy	-no_greedy	bool		Use non-greedy dynamic programming extension
min_raw_gapped_score	-min_raw_gapped_score	int		Minimum raw gapped score to keep an alignment in the preliminary gapped and traceback stages
ungapped	-ungapped	bool		Perform ungapped alignment only?
off_diagonal_range	-off_diagonal_range	int		Number of off-diagonals to search for the 2nd hit

以下の継承元のクラスで定義された引数も指定することができます。

• _NcbiblastMain2SeqCommandline クラス
• _Ncbiblast2SeqCommandline クラス
• _NcbiblastCommandline クラス
• _NcbibaseblastCommandline クラス