NcbitblastnCommandline クラス

NcbitblastnCommandline クラス (Bio.Blast.Applications モジュール)

[APIドキュメント]

class NcbitblastnCommandline(_NcbiblastMain2SeqCommandline)

継承関係:Application.AbstractCommandline_NcbibaseblastCommandline_NcbiblastCommandline_Ncbiblast2SeqCommandline_NcbiblastMain2SeqCommandline → NcbitblastnCommandline

特殊メソッド

__init__(cmd=’tblastn’, **kwargs)

@ [APIドキュメント

BLASTのtblastnコマンドを表すインスタンスを生成します。

**kwargsに指定する引数とtblastnコマンドのオプションとの対応は次のようになります。(source codeをもとに作成)

引数tblastnオプションデータ型デフォルト値説明
task-task
db_gencode-db_gencode
frame_shift_penalty-frame_shift_penalty
max_intron_length-max_intron_length
matrix-matrix
threshold-threshold
comp_based_stats-comp_based_stats
seg-seg
ungapped-ungapped
use_sw_tback-use_sw_tback
in_pssm-in_pssm

以下の継承元のクラスで定義された引数も指定することができます。

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