NcbiblastxCommandline クラス

NcbiblastxCommandline クラス (Bio.Blast.Applications モジュール)

[APIドキュメント]

class NcbiblastxCommandline(_NcbiblastMain2SeqCommandline)

継承関係:Application.AbstractCommandline_NcbibaseblastCommandline_NcbiblastCommandline_Ncbiblast2SeqCommandline_NcbiblastMain2SeqCommandline → NcbiblastxCommandline

特殊メソッド

__init__(cmd=’blastx’, **kwargs)

@ [APIドキュメント

BLASTのblastxコマンドを表すインスタンスを生成します。

**kwargsに指定する引数とblastxコマンドのオプションとの対応は次のようになります。(source codeをもとに作成)

引数blastxオプションデータ型デフォルト値説明
task-taskstr‘blastx’Task to execute.
<{‘blastx’
, ‘blastx-fast’}>
strand-strandstr‘both’Query strand(s) to search against database/subject.
<{‘both’, ‘minus’, ‘plus’}>
query_gencode-query_gencodeint1Genetic code to use to translate query.
frame_shift_penalty-frame_shift_penaltyintFrame shift penalty.
max_intron_length-max_intron_lengthintMaximum intron length.
matrix-matrixstr‘BLOSUM62’Scoring matrix name.
threshold-thresholdfloatMinimum score for words to be added to the BLAST lookup table.
comp_based_stats-comp_based_statsstrUse composition-based statistics for blastp, blastx, or tblastn.
seg-segstrFilter query sequence with SEG.
ungapped-ungappedboolPerform ungapped alignment only?
use_sw_tback-use_sw_tbackboolCompute locally optimal Smith-Waterman alignments?

以下の継承元のクラスで定義された引数も指定することができます。

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