NcbiblastnCommandline クラス

NcbiblastnCommandline クラス (Bio.Blast.Applications モジュール)

[APIドキュメント]

class NcbiblastnCommandline(_NcbiblastMain2SeqCommandline)

継承関係:Application.AbstractCommandline_NcbibaseblastCommandline_NcbiblastCommandline_Ncbiblast2SeqCommandline_NcbiblastMain2SeqCommandline → NcbiblastnCommandline

特殊メソッド

__init__(cmd=’blastn’, **kwargs)

@ [APIドキュメント

BLASTのblastnコマンドを表すインスタンスを生成します。

**kwargsに指定する引数とblastnコマンドのオプションとの対応は次のようになります。(source codeをもとに作成)

引数blastnオプションデータ型デフォルト値説明
strand-strandstr‘both’Query strand(s) to search against database/subject.
<{‘both’, ‘minus’, ‘plus’}>
task-taskstr‘megablast’Task to execute.
<{‘blastn’, ‘blastn-short’, ‘dc-megablast’, ‘megablast’, ‘vecscreen’}>
penalty-penaltyintPenalty for a nucleotide mismatch.
reward-rewardintReward for a nucleotide match.
use_index-use_indexboolFalseUse MegaBLAST database index.
index_name-index_namestrMegaBLAST database index name.
dust-duststrFilter query sequence with DUST.
filtering_db-filtering_dbstrBLAST database containing filtering elements (i.e. repeats).
window_masker_taxid-window_masker_taxidintEnable WindowMasker filtering using a Taxonomic ID.
window_masker_db-window_masker_dbstrEnable WindowMasker filtering using this repeats database.
perc_identity-perc_identityfloatPercent identity.
template_type-template_typestrDiscontiguous MegaBLAST template type.
template_length-template_lengthintDiscontiguous MegaBLAST template length.
no_greedy-no_greedyboolUse non-greedy dynamic programming extension
min_raw_gapped_score-min_raw_gapped_scoreintMinimum raw gapped score to keep an alignment in the preliminary gapped and traceback stages
ungapped-ungappedboolPerform ungapped alignment only?
off_diagonal_range-off_diagonal_rangeintNumber of off-diagonals to search for the 2nd hit

以下の継承元のクラスで定義された引数も指定することができます。

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