Alignment クラス

Alignment クラス (Bio.Blast.Record モジュール)

[APIドキュメント]

class Alignment(object)

インスタンス変数

hit_id

@ [APIドキュメント]

  • BLAST検索でヒットした局所領域を含む配列を表すID <str>

hit_def

@ [APIドキュメント]

  • BLAST検索でヒットした局所領域を含む配列の説明 <str>

hsps

@ [APIドキュメント]

  • HSPオブジェクトのリスト <list(HSP)>

アラインメントのHigh Scoring Pair (HSP)をHSPオブジェクトのリストとして格納します。

length

@ [APIドキュメント]

  • BLAST検索でヒットした局所領域を含む配列全体の配列長 <int>

title

@ [APIドキュメント]

  • BLAST検索でヒットした局所領域を含む配列のタイトル <str>

titleはhit_idとhit_defの組み合わせで表現されます。
この値は、対応するDescriptionオブジェクトのtitle変数と一致します。

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