HSP クラス (Bio.Blast.Record モジュール)
class HSP(object)
アラインメントのHigh Scoring Pair (HSP)を格納します。
Contents
インスタンス変数
align_length
@ [APIドキュメント] ↑
- そのHigh Scoring Pair (HSP)の配列長 <int>
bits
@ [APIドキュメント] ↑
- そのHigh Scoring Pair (HSP)のDBに対する類似性スコア(単位をビットに補正したビットスコア) <float>
expect
@ [APIドキュメント] ↑
- そのHigh Scoring Pair (HSP)のE-valueの値 <float>
frame
@ [APIドキュメント] ↑
- クエリ・DB配列の読み枠(フレーム)を、それぞれどれだけずらしたかを表す <list(int)>
gaps
@ [APIドキュメント] ↑
- そのHigh Scoring Pair (HSP)における塩基・アミノ酸コードのギャップの個数 <int>
- gaps / align_length でギャップの割合が求められる
identities
@ [APIドキュメント] ↑
- そのHigh Scoring Pair (HSP)における塩基・アミノ酸コードが一致している個数 <int>
- identities / align_length で同一性パーセントが求められる
match
@ [APIドキュメント] ↑
- クエリとDBの塩基／アミノ酸ごとにマッチしたかどうかを表す文字列 <str>
- 塩基配列の場合 → |：一致、(空欄)：不一致、-：ギャップ
- アミノ酸配列の場合 → |：一致、(空欄)：不一致、・：アミノ酸ファミリーの一致、-：ギャップ
num_alignments
@ [APIドキュメント] ↑
- そのHigh Scoring Pair (HSP)の中の断片の個数 <None / int>
- 複数の断片に分かれていない場合はNone
positives
@ [APIドキュメント] ↑
query
@ [APIドキュメント] ↑
- クエリ配列のうち、検索でマッチした部分を表す文字列 <str>
query_end
@ [APIドキュメント] ↑
- <int>
query_start
@ [APIドキュメント] ↑
- <int>
sbjct
@ [APIドキュメント] ↑
- DB配列の検索でマッチした部分を表す文字列 <str>
sbjct_end
@ [APIドキュメント] ↑
- <int>
sbjct_start
@ [APIドキュメント] ↑
- <int>
score
@ [APIドキュメント] ↑
- そのHigh Scoring Pair (HSP)のDBに対する類似性スコア(ビットスコアに補正する前のスコア) <float>
strand
@ [APIドキュメント] ↑
- クエリとDBで、それぞれ元の塩基配列と相補配列のどちらを用いたかを表す <list(str)>
- Plus : 元の配列、Minus : 相補配列