NcbitblastxCommandline クラス

NcbitblastxCommandline クラス (Bio.Blast.Applications モジュール)

[APIドキュメント]

class NcbitblastxCommandline(_NcbiblastMain2SeqCommandline)

継承関係:Application.AbstractCommandline_NcbibaseblastCommandline_NcbiblastCommandline_Ncbiblast2SeqCommandline_NcbiblastMain2SeqCommandline → NcbitblastxCommandline

特殊メソッド

__init__(cmd=’tblastx’, **kwargs)

@ [APIドキュメント

BLASTのtblastxコマンドを表すインスタンスを生成します。

**kwargsに指定する引数とtblastxコマンドのオプションとの対応は次のようになります。(source codeをもとに作成)

引数tblastxオプションデータ型デフォルト値説明
strand-strand
query_gencode-query_gencode
db_gencode-db_gencode
max_intron_length-max_intron_length
matrix-matrix
threshold-threshold
seg-seg

以下の継承元のクラスで定義された引数も指定することができます。

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