NcbiblastpCommandline クラス

NcbiblastpCommandline クラス (Bio.Blast.Applications モジュール)

[APIドキュメント]

class NcbiblastpCommandline(_NcbiblastMain2SeqCommandline)

継承関係:Application.AbstractCommandline_NcbibaseblastCommandline_NcbiblastCommandline_Ncbiblast2SeqCommandline_NcbiblastMain2SeqCommandline → NcbiblastpCommandline

特殊メソッド

__init__(cmd=’blastp’, **kwargs)

@ [APIドキュメント]

BLASTのblastpコマンドを表すインスタンスを生成します。

**kwargsに指定する引数とblastpコマンドのオプションとの対応は次のようになります。(source codeをもとに作成)

引数blastpオプションデータ型デフォルト値説明
task-taskstr‘blastp’Task to execute
<{‘blastp’, ‘blastp-fast’, ‘blastp-short’}>
matrix-matrixstr‘BLOSUM62’Scoring matrix name
threshold-thresholdfloatMinimum score for words to be added to the BLAST lookup table
comp_based_stats-comp_based_statsstrUse composition-based statistics (string, default 2, i.e. True)
seg-segstrFilter query sequence with SEG
ungapped-ungappedboolPerform ungapped alignment only?
use_sw_tback-use_sw_tbacboolCompute locally optimal Smith-Waterman alignments?

以下の継承元のクラスで定義された引数も指定することができます。

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