_Ncbiblast2SeqCommandline クラス

_Ncbiblast2SeqCommandline クラス (Bio.Blast.Applications モジュール)

[APIドキュメント]

class _Ncbiblast2SeqCommandline(_NcbiblastCommandline)

継承関係:Application.AbstractCommandline_NcbibaseblastCommandline_NcbiblastCommandline → _Ncbiblast2SeqCommandline

NCBI BLAST+のラッパーのコマンドラインオブジェクトのための基底クラスです。

特殊メソッド

__init__(cmd=None, **kwargs)

@ [APIドキュメント]

**kwargsに指定する引数とBLASTコマンドのオプションとの対応は次のようになります。(source codeをもとに作成)

引数コマンドオプションデータ型デフォルト値説明
gapopen-gapopen
gapextend-gapextend
subject-subject
subject_loc-subject_loc
culling_limit-culling_limit
best_hit_overhang-best_hit_overhang
best_hit_score_edge-best_hit_score_edge

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