非エンジニア向けのMarkdown記法入門

Markdown(マークダウン)記法は文章を記述するときの方法の1つで、簡単な方法で見栄えの良い文章を作ることができます。Markdownはテキストファイルとして書いていきますが、テキストファイルのままでも読みやすく、文章の構造もはっきりさせることができるのがMarkdownの特徴です。そして、Markdownを正しく解釈できるアプリやサービスを使うと整った文章として表示することができます。

テキスト形式でありながら、文章の装飾も行うことができ、ちょっとしたメモなど応用範囲が非常に広いものなので、ぜひMarkdown記法を活用してみましょう。

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非エンジニア向けのGitHub活用法 (特にライフサイエンス分野)

GitHubって聞いたことありますか?ソフトウェア開発をしている方なら常識でしょうが、非エンジニアにとっては全く知らない人が大多数だと思います。

GitHubとは、本来はソフトウェア開発におけるソースコード(=プログラミング言語で書かれたソフトウェアのプログラムファイル)のバージョン管理サービスで、チームで運用するためのいろいろな便利なツールが付属しています。しかし、GitHubが管理してくれるのはソースコードだけではなくすべてのテキストファイルであり、GitHubは本質的にはテキストファイルのバージョン管理サービスです。

プログラミングはエンジニアだけの世界ですが、テキストファイルのバージョン管理となるとほかのすべての分野の人がかかわってきますよね。そうです、GitHubはエンジニアだけのものではなく、すべての人に必要なものなのです!(笑)

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実験ノートの電子化 (電子ラボノート)

生物系に限らず研究者にとってはラボノート(実験ノート)は日々の研究の記録していく上で必須のものですよね?それは医者にとってのカルテのような存在で、単にデータをまとめるだけではなく時としては研究不正をしていないことを証明するためのものにもなり得ます。小保方さんのSTAP細胞疑惑の際は、ラボノートが十分でないことから小保方さんの主張は認められなかったことからもラボノートの重要性が分かります。

日本では手書きのラボノートを使われることが多いと思いますが、個人的には今の時代に手書きは何とかならないものかと思っています。

そこで、ここではラボノートの電子化についてまとめてみました。

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シークエンスデータのファイル形式とBiopythonオブジェクト (SeqRecordクラス)【Python】

ここでは、シークエンスデータを表す各種のファイル形式について説明します。BiopythonではSeqRecordオブジェクトとしてシークエンスデータを扱いますが、それぞれのファイル形式がSeqRecordオブジェクトにどのように変換されるのかを示します。

バイオインフォマティクス環境

以下の方法で構築した環境であることを前提として説明します。

※ 検証はしていませんが、プログラム自体は基本的にmacOS、Linuxでも動作すると思われます。

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WindowsユーザーのためのPythonを用いたゲノム解析環境【Python】

バイオインフォマティクスの解析はLinuxやそれをベースとしたmacを用いて行われることが一般的ですが、圧倒的に多くの人は普段Windowsを使っていますよね?「Windowsでゲノム解析ができないの?」と一度は皆さん思ったのではないでしょうか?

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UWPアプリの公式広告プラットフォームの廃止

androidでもiOSでも、そしてWindowsでもフリーアプリの収益化のための広告プラットフォームが用意されています。androidやiOSで優秀なフリーアプリが多くあるのは、このような広告プラットフォームで広告が供給されているおかげというわけですね。

しかし、WindowsのMicrosoft公式の広告プラットフォームが今年の6月1日で終了予定となってしまっています。

自分の開発しているLife Story 365やRadOnc CalcでもMicrosoftの広告プラットフォームを使っているので、どうしようかと思っているのですが…

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