NcbiblastpCommandline クラス (Bio.Blast.Applications モジュール)
class NcbiblastpCommandline(_NcbiblastMain2SeqCommandline)
継承関係：Application.AbstractCommandline → _NcbibaseblastCommandline → _NcbiblastCommandline → _Ncbiblast2SeqCommandline → _NcbiblastMain2SeqCommandline → NcbiblastpCommandline
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特殊メソッド
__init__(cmd=’blastp’, **kwargs)
BLASTのblastpコマンドを表すインスタンスを生成します。
**kwargsに指定する引数とblastpコマンドのオプションとの対応は次のようになります。(source codeをもとに作成)
| 引数 | blastpオプション | データ型 | デフォルト値 | 説明 |
|---|---|---|---|---|
| task | -task | str | ‘blastp’ | Task to execute <{‘blastp’, ‘blastp-fast’, ‘blastp-short’}> |
| matrix | -matrix | str | ‘BLOSUM62’ | Scoring matrix name |
| threshold | -threshold | float | Minimum score for words to be added to the BLAST lookup table | |
| comp_based_stats | -comp_based_stats | str | Use composition-based statistics (string, default 2, i.e. True) | |
| seg | -seg | str | Filter query sequence with SEG | |
| ungapped | -ungapped | bool | Perform ungapped alignment only? | |
| use_sw_tback | -use_sw_tbac | bool | Compute locally optimal Smith-Waterman alignments? |
以下の継承元のクラスで定義された引数も指定することができます。
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