Bio.TogoWS モジュール

Bio.TogoWS モジュール

[APIドキュメント]

関数

convert(data, in_format, out_format)

@ [APIドキュメント]

  • 引数
    • data
    • in_format
    • out_format
  • 戻り値
    • ret

サンプルコード・解説記事

from Bio import TogoWS
with TogoWS.entry('nucleotide', 'NC_045512.2') as handle:
    with TogoWS.convert(handle, 'genbank', 'fasta') as handle_fasta:
        print(handle_fasta.read())

entry(db, id, format=None, field=None)

@ [APIドキュメント]

  • 引数
    • db : データを取得するデータベース名(一覧) <str>
    • id : データのID <str>
    • format : データのフォーマット <str>
    • field : データベースから特定の情報だけ取り出す場合に指定する <str>
  • 戻り値
    • ret : TogoWSから得られた結果 <io.TextIOWrapper>

entry関数の引数はREST APIの以下の引数に対応します。(TogoWS)

引数に指定可能な文字列は上記のサイトのプルダウンで出てくる文字列になります。(同じデータベースを表す別名がいくつか認められている場合はあります)

サンプルコード・解説記事

from Bio import TogoWS, SeqIO
with TogoWS.entry('nucleotide', 'NC_045512.2') as handle:
    record = SeqIO.read(handle, "genbank")
    print(record)

@ [APIドキュメント]

  • 引数
    • db : 検索を行うデータベース名(一覧) <str>
    • query : 検索のクエリ文字列 <str>
    • offset : 何番目の結果から取得するか <int>
    • limit : 取得する結果の最大数(100以下で指定) <int>
    • format : フォーマット <str>
  • 戻り値
    • ret : <io.TextIOWrapper>

search関数の引数はREST APIの以下の引数に対応します。(TogoWS)

引数に指定可能な文字列は上記のサイトのプルダウンで出てくる文字列になります。(同じデータベースを表す別名がいくつか認められている場合はあります)

サンプルコード・解説記事

from Bio import TogoWS
result = TogoWS.search('nucleotide', 'lung cancer', 1, 5)
print(result.read())

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