HSP クラス

HSP クラス (Bio.Blast.Record モジュール)

[APIドキュメント]

class HSP(object)

アラインメントのHigh Scoring Pair (HSP)を格納します。

インスタンス変数

align_length

@ [APIドキュメント]

  • そのHigh Scoring Pair (HSP)の配列長 <int>

bits

@ [APIドキュメント]

  • そのHigh Scoring Pair (HSP)のDBに対する類似性スコア(単位をビットに補正したビットスコア) <float>

expect

@ [APIドキュメント]

  • そのHigh Scoring Pair (HSP)のE-valueの値 <float>

frame

@ [APIドキュメント]

  • クエリ・DB配列の読み枠(フレーム)を、それぞれどれだけずらしたかを表す <list(int)>

gaps

@ [APIドキュメント]

  • そのHigh Scoring Pair (HSP)における塩基・アミノ酸コードのギャップの個数 <int>
    • gaps / align_length でギャップの割合が求められる

identities

@ [APIドキュメント]

  • そのHigh Scoring Pair (HSP)における塩基・アミノ酸コードが一致している個数 <int>
    • identities / align_length で同一性パーセントが求められる

match

@ [APIドキュメント]

  • クエリとDBの塩基/アミノ酸ごとにマッチしたかどうかを表す文字列 <str>
    • 塩基配列の場合 → |:一致、(空欄):不一致、-:ギャップ
    • アミノ酸配列の場合 → |:一致、(空欄):不一致、・:アミノ酸ファミリーの一致、-:ギャップ

num_alignments

@ [APIドキュメント]

  • そのHigh Scoring Pair (HSP)の中の断片の個数 <None / int>
    • 複数の断片に分かれていない場合はNone

positives

@ [APIドキュメント]

query

@ [APIドキュメント]

  • クエリ配列のうち、検索でマッチした部分を表す文字列 <str>

query_end

@ [APIドキュメント]

  • <int>

query_start

@ [APIドキュメント]

  • <int>

sbjct

@ [APIドキュメント]

  • DB配列の検索でマッチした部分を表す文字列 <str>

sbjct_end

@ [APIドキュメント]

  • <int>

sbjct_start

@ [APIドキュメント]

  • <int>

score

@ [APIドキュメント]

  • そのHigh Scoring Pair (HSP)のDBに対する類似性スコア(ビットスコアに補正する前のスコア) <float>

strand

@ [APIドキュメント]

  • クエリとDBで、それぞれ元の塩基配列と相補配列のどちらを用いたかを表す <list(str)>
    • Plus : 元の配列、Minus : 相補配列

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