Pythonでバイオインフォマティクス
主にバイオインフォマティクスで得られるバイオデータ解析にはRやPythonが用いられます。バイオデータ解析にはどちらかというとRが用いられることが多いですが、RよりもPythonの方が汎用言語であり、ほかの処理との組み合わせに有利であることから、ここではPythonによるバイオデータ解析について説明していこうと思います。
なお、バイオデータ解析にはmacOSやLinuxを用いることが多いですが、ここではあえてWindowsユーザーがバイオデータ解析を行うことを想定していきます。
NGS解析環境の構築
ゲノムデータの取得
Pythonを用いた基本的な解析方法
データの取得
NGS関連データ形式の基本操作
- シークエンスデータのファイル形式とBiopythonオブジェクト
- 塩基配列の操作
- FASTQ形式の配列データの品質をPythonでチェックしてみる
- マッピングファイル(SAM/BAM/CRAM形式)の基本操作
- バリアントコールファイル(VCF形式)の基本操作
- ゲノムアノテーションファイル(GFF3形式)の基本操作
相同性検索
- PythonでBLASTする！（基礎編：BLASTとは？）
- PythonでBLASTする！（ローカルBLASTの実行）
- PythonでBLASTする！（ウェブ版BLASTの実行）
- PythonでBLASTする！（BLAST結果のXML解析）
RNA-Seq
GDC Data Portal (TCGAデータベース)の解析
Pythonパッケージ
バイオインフォマティクス総合
データベースアクセス
- BioServices
- GOATOOLS
NGS関連ファイル操作
RNA-Seq
- pyrpipe
- RSeQC
- Scanpy
