pysam
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pysamとは？
pysamはマッピングファイル(SAM形式/BAM形式/CRAM形式)やBCF2/VCF/gVCFファイルなどを扱うためのライブラリのC言語APIであるHTSlibのPythonラッパーです。これを用いることで、SAM/BAM/VCF/BCF/BED/GFF/GTF/FASTA/FASTQファイルに対するアクセスを、SAMtoolsやBCFtoolsと同様に行うことができます。
pysamのインストール
Anacondaを用いて、以下のコマンドでインストール可能です。(Pysam – Anaconda Cloud)
conda install -c bioconda pysam
なお、pysamのインストールにはLinuxもしくはmacOSが必要であり、Windows環境にインストールする場合はWSLを用いる必要があります。
Anacondaについては以下の記事をご覧ください。
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