AlignmentFile クラス (pysam モジュール)
読み込んだBAMファイルを表すクラスです。AlignmentFileオブジェクトでは、BAMファイルのヘッダー情報をAlignmentHeaderクラスのオブジェクトとして格納し、レコード部分はAlignedSegmentオブジェクトをアイテムとするイテレータとして格納しています。
Contents
- 1 属性
- 2 インスタンスメソッド
- 2.1 check_index()
- 2.2 count(contig=None, start=None, stop=None, region=None, until_eof=False, read_callback=’nofilter’, reference=None, end=None)
- 2.3 fetch(contig=None, start=None, stop=None, region=None, tid=None, until_eof=False, multiple_iterators=False, reference=None, end=None)
- 2.4 find_introns(read_iterator)
- 2.5 get_reference_name(self, tid)
属性
header
- アラインメントファイルのヘッダー <dict / AlignmentHeader>