AlignmentFile クラス (pysam モジュール)

[APIドキュメント]

読み込んだBAMファイルを表すクラスです。AlignmentFileオブジェクトでは、BAMファイルのヘッダー情報をAlignmentHeaderクラスのオブジェクトとして格納し、レコード部分はAlignedSegmentオブジェクトをアイテムとするイテレータとして格納しています。

属性

header

@ [APIドキュメント] ↑

インスタンスメソッド

check_index()

@ [APIドキュメント] ↑

count(contig=None, start=None, stop=None, region=None, until_eof=False, read_callback=’nofilter’, reference=None, end=None)

@ [APIドキュメント] ↑

fetch(contig=None, start=None, stop=None, region=None, tid=None, until_eof=False, multiple_iterators=False, reference=None, end=None)

@ [APIドキュメント] ↑

find_introns(read_iterator)

@ [APIドキュメント] ↑

get_reference_name(self, tid)

@ [APIドキュメント] ↑