AlignmentFile クラス

AlignmentFile クラス (pysam モジュール)

[APIドキュメント]

読み込んだBAMファイルを表すクラスです。AlignmentFileオブジェクトでは、BAMファイルのヘッダー情報をAlignmentHeaderクラスのオブジェクトとして格納し、レコード部分はAlignedSegmentオブジェクトをアイテムとするイテレータとして格納しています。

属性

@ [APIドキュメント]

  • アラインメントファイルのヘッダー <dict / AlignmentHeader>

インスタンスメソッド

check_index()

@ [APIドキュメント]

count(contig=None, start=None, stop=None, region=None, until_eof=False, read_callback=’nofilter’, reference=None, end=None)

@ [APIドキュメント]

fetch(contig=None, start=None, stop=None, region=None, tid=None, until_eof=False, multiple_iterators=False, reference=None, end=None)

@ [APIドキュメント]

find_introns(read_iterator)

@ [APIドキュメント]

get_reference_name(self, tid)

@ [APIドキュメント]

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