Seq クラス

Seq クラス (Bio.Seq モジュール)

[APIドキュメント]

class Seq(object)

アルファベットの文字列からなる読み取り専用の配列オブジェクト。 イミュータブルなシーケンス型のオブジェクトであり、値の書き換えなどはできない。

<参考>
共通のシーケンス演算: Seq オブジェクトに対しても適応可能
ミュータブルなシーケンス型の演算:Seq オブジェクトに対しては使えない

インスタンスメソッド

complement()

@ [APIドキュメント]

  • 引数:なし
  • 戻り値:相補的配列を表すSeqオブジェクト <Seq>

相補的配列を表す新しいSeqオブジェクト返します。

サンプルコード・解説記事

from Bio.Seq import Seq
seq = Seq('ATTAAAGGTTTATACCTTCCCAGG')
print(seq.complement())

count(sub, start=0, end=9223372036854775807)

@ [APIドキュメント]

  • 引数
    • sub:検索する文字列 <str / Seq>
    • start:検索の開始位置 <int>
    • end:検索の終了位置 <int>
  • 戻り値:与えられた文字列の出現回数 <int>

subで与えられた配列のオーバーラップなしの出現回数をカウントします。

lower()

@ [APIドキュメント]

  • 引数:なし
  • 戻り値:アルファベットをすべて小文字としたSeqオブジェクト <Seq>

配列を表すアルファベットをすべて小文字で表したものを、新しいSeqオブジェクトとして返す。

reverse_complement()

@ [APIドキュメント]

  • 引数:なし
  • 戻り値:逆相補的配列を表すSeqオブジェクト <Seq>

逆相補的配列を表す新しいSeqオブジェクトを返します。

サンプルコード・解説記事

from Bio.Seq import Seq
seq = Seq('ATTAAAGGTTTATACCTTCCCAGG')
print(seq.reverse_complement())

transcribe()

@ [APIドキュメント]

  • 引数:なし
  • 戻り値:転写されたRNAの塩基配列を表すSeqオブジェクト <Seq>

DNAの塩基配列からmRNAに転写させて、その塩基配列を新しいSeqオブジェクトとして返します。

サンプルコード・解説記事

from Bio.Seq import Seq
seq = Seq('ATTAAAGGTTTATACCTTCCCAGG')
print(seq.transcribe())

translate(table=’Standard’, stop_symbol=’*’, to_stop=False, cds=False, gap=None)

@ [APIドキュメント]

  • 引数
    • table:どのコドンテーブルを用いるかを以下の方法で指定する
      • コドンテーブル名を文字列として指定する <str>
      • NCBI識別コードによって指定する <int>
      • コドンテーブルオブジェクトによって指定する
    • stop_symbol:終止コドンを表す文字列 <str>
    • to_stop:終止コドンを含むときにそこで翻訳を終了するかどうかを指定する <bool>
    • cds:完全なCDS (Coding Sequences)であるかをチェックするか指定する <bool>
    • gap:ギャップを表す文字列を指定する <str>
  • 戻り値:翻訳されたアミノ酸配列を表すSeqオブジェクト <Seq>

DNAもしくはmRNAの塩基配列からアミノ酸配列に翻訳して、新しいSeqオブジェクトとして返す。

サンプルコード・解説記事

from Bio.Seq import Seq
seq = Seq('ATTAAAGGTTTATACCTTCCCAGG')
print(seq.translate())

upper()

@ [APIドキュメント]

  • 引数:なし
  • 戻り値: アルファベットをすべて大文字としたSeqオブジェクト <Seq>

配列を表すアルファベットをすべて大文字で表したものを、新しいSeqオブジェクトとして返す。

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