Bio.Blast.NCBIWWW モジュール

Bio.Blast.NCBIWWW モジュール

[APIドキュメント]

関数

qblast(program, database, sequence, url_base=’https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi’, auto_format=None, composition_based_statistics=None, db_genetic_code=None, endpoints=None, entrez_query='(none)’, expect=10.0, filter=None, gapcosts=None, genetic_code=None, hitlist_size=50, i_thresh=None, layout=None, lcase_mask=None, matrix_name=None, nucl_penalty=None, nucl_reward=None, other_advanced=None, perc_ident=None, phi_pattern=None, query_file=None, query_believe_defline=None, query_from=None, query_to=None, searchsp_eff=None, service=None, threshold=None, ungapped_alignment=None, word_size=None, short_query=None, alignments=500, alignment_view=None, descriptions=500, entrez_links_new_window=None, expect_low=None, expect_high=None, format_entrez_query=None, format_object=None, format_type=’XML’, ncbi_gi=None, results_file=None, show_overview=None, megablast=None, template_type=None, template_length=None)

@ [APIドキュメント]

  • 引数
    • program : どの検索プログラムを用いてBLASTを実行するか <str>
      • ‘blastn’ -> sequenceの塩基配列を塩基配列データベースと比較します。
      • ‘blastp’ -> sequenceのアミノ酸配列をアミノ酸配列データベースと比較します。
      • ‘blastx’ -> sequenceの塩基配列を表裏合わせて6通りの読み枠で翻訳しながら、アミノ酸配列データベースと比較します。
      • ‘tblastn’ -> sequenceのアミノ酸配列に対して、塩基配列データベースを表裏合わせて6通りの読み枠で翻訳しながら比較します。
      • ‘tblastx’ -> sequenceの塩基配列を表裏合わせて6通りの読み枠で翻訳しながら、同様に翻訳された塩基配列データベースと比較します。
    • database : どのデータベースに対して検索を行うか <str>
      • 使用可能なデータベースの一覧はこちらです。
    • sequence : 検索を行うシークエンス <str>
      • Accession番号、GI番号、もしくはFASTA配列を表す文字列で指定します。
    • hitlist_size : 相同配列として取得する結果の最大値 <int>
  • 戻り値
    • handle : BLAST結果 <io.StringIO>

NCBIのQBLASTサーバーかその他のサーバーを用いてBLAST検索を行います。

サンプルコード・解説記事

from Bio.Blast import NCBIWWW
with NCBIWWW.qblast('blastn', 'nt', '8332116') as handle:
    with open('blastn-www.xml', 'wt') as f:
        f.write(handle.read())

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