Bio.Align.Applications モジュール

Bio.Align.Applications モジュール

※ ここでの記載内容は個人的なメモ目的であり、ご自身の責任でご活用ください。
※ 記載内容の誤り等はコメント欄もしくはこちらからご連絡いただければ非常に助かります。

<公式ドキュメント>

アラインメントツールのラッパーへのアクセスを提供しているモジュール。
各ラッパーの本体は、それぞれのサブモジュールに定義されいるが、以下のコードによりサブモジュールをimportすることなく、Bio.Align.Applications モジュールからラッパーを直接用いることができる。

from ._Muscle import MuscleCommandline
from ._Clustalw import ClustalwCommandline
from ._ClustalOmega import ClustalOmegaCommandline
from ._Prank import PrankCommandline
from ._Mafft import MafftCommandline
from ._Dialign import DialignCommandline
from ._Probcons import ProbconsCommandline
from ._TCoffee import TCoffeeCommandline
from ._MSAProbs import MSAProbsCommandline

例えば、Bio.Align.Applications._Clustalw モジュールのClustalwCommandline クラスを用いる場合は、以下のように書けばよい。

from Bio.Align.Applications import ClustalwCommandline

サブモジュール

※ Bio.Align.Applications パッケージに含まれるサブモジュール

  • Bio.Align.Applications._ClustalOmega:Clustal Omegaのラッパー
  • Bio.Align.Applications._Clustalw:Clustal Wのラッパー
  • Bio.Align.Applications._Dialign:DIALIGN2-2のラッパー
  • Bio.Align.Applications._MSAProbs:MSAProbsのラッパー
  • Bio.Align.Applications._Mafft:MAFFTのラッパー
  • Bio.Align.Applications._Muscle:MUSCLEのラッパー
  • Bio.Align.Applications._Prank:PRANKのラッパー
  • Bio.Align.Applications._Probcons:PROBCONSのラッパー
  • Bio.Align.Applications._TCoffee:TCOFFEEのラッパー

クラス

  • ClustalOmegaCommandline クラス
  • ClustalwCommandline クラス
  • DialignCommandline クラス
  • MSAProbsCommandline クラス
  • MafftCommandline クラス
  • MuscleCommandline クラス
  • PrankCommandline クラス
  • ProbconsCommandline クラス
  • TCoffeeCommandline クラス

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