Biopython– tag –
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PythonでBLASTする！（BLAST結果のXML解析）【Python】
BLAST検索の結果はテキスト文書、タブ区切り、XML形式など選択できますが、プログラムによる解析を行うのであればXML形式が適しています。ここでは、XML形式で取得したBLAST検索結果の解析方法を説明します。 バイオインフォマティクス環境 以下の方法で構... -
PythonでBLASTする！（ウェブ版BLASTの実行）【Python】
配列相同性検索のBLASTをPythonを用いて実行する方法を解説します。ここでは、特にウェブ版BLASTをPythonを用いて実行する方法の説明です。 バイオインフォマティクス環境 以下の方法で構築した環境であることを前提として説明します。 Windows10 + WSL (W... -
PythonでBLASTする！（ローカルBLASTの実行）【Python】
配列相同性検索のBLASTをPythonを用いて実行する方法を解説します。ここでは、特にローカルBLASTをPythonを用いて実行する方法の説明です。 バイオインフォマティクス環境 以下の方法で構築した環境であることを前提として説明します。 Windows10 + WSL (W... -
PythonでBLASTする！（基礎編：BLASTとは？）【Python】
BLASTによる配列相同性検索はバイオインフォマティクス解析の基本となっています。ここでは、BLASTについての基本的なことを説明します。 [toc] 【BLASTとは？】 BLASTはNCBIによって公開されている配列相同性検索アルゴリズムであり、それを実装したアプ... -
塩基配列の操作【Python】
Biopythonでは配列データをSeqオブジェクトとして保持します。Seqオブジェクトとすることで、核酸配列の転写・翻訳などの遺伝子情報の操作に特有の操作を行うことが可能になります。 バイオインフォマティクス環境 以下の方法で構築した環境であることを前... -
シークエンスデータのファイル形式とBiopythonオブジェクト【Python】
ここでは、シークエンスデータを表す各種のファイル形式について説明します。BiopythonではSeqRecordオブジェクトとしてシークエンスデータを扱いますが、それぞれのファイル形式がSeqRecordオブジェクトにどのように変換されるのかを示します。 バイオイ... -
Windows環境でのゲノムデータの取得【Python】
ここでは、「WindowsユーザーのためのPythonを用いたゲノム解析環境」で構築した環境で、ゲノムデータの取得方法を説明します。 バイオインフォマティクス環境 以下の方法で構築した環境であることを前提として説明します。 Windows10 + WSL (Windowsユー... -
Pythonを用いたNCBIデータベースへのアクセス【Python】
【NCBIデータベースへのアクセス方法】 NCBIにはデータベースにアクセスするための統合的なインターフェースとしてEntrez(発音：アントレ)が用意されています。EntrezではEntrez Programming Utilities (E-utilities, EUtils)を介してプログラムからアクセ...
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