_Record クラス

_Record クラス (vcf.model モジュール)

[APIドキュメント]

VCF形式におけるデータ領域のレコードを表すクラスです。1つの_Recordオブジェクトが1つの変異を表します。

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属性

ALT

@ [APIドキュメント]

  • 変異部位のシークエンスデータ上での塩基配列 <list(_Substitution)>

CHROM

@ [APIドキュメント]

  • 染色体番号 <str>

FILTER

@ [APIドキュメント]

  • VCFファイルを作成する際に使用したフィルタリング条件を満たしているか <list>

FORMAT

@ [APIドキュメント]

  • 個々のサンプルについてのデータ形式 <str>

ID

@ [APIドキュメント]

  • 変異のID (dbSNPに登録されている変異なら、そのアクセッション番号) <str>

INFO

@ [APIドキュメント]

  • 追加情報 <dict>

POS

@ [APIドキュメント]

  • 変異のある塩基の位置 <int>

QUAL

@ [APIドキュメント]

  • 変異部位のマッピングクオリティ値(検出ソフトによって算出方法が異なる) <int>

REF

@ [APIドキュメント]

  • 変異部位のリファレンスゲノム上での塩基配列 <str>

samples

@ [APIドキュメント]

  • VCFファイルに記録された各サンプルについての情報 <list(_Calls)>
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