_NcbiblastCommandline クラス

_NcbiblastCommandline クラス (Bio.Blast.Applications モジュール)

[APIドキュメント]

class _NcbiblastCommandline(_NcbibaseblastCommandline)

継承関係:Application.AbstractCommandline_NcbibaseblastCommandline → _NcbiblastCommandline

NCBI BLAST+のラッパーのコマンドラインオブジェクトのための基底クラスです。

特殊メソッド

__init__(cmd=None, **kwargs)

@ [APIドキュメント]

**kwargsに指定する引数とBLASTコマンドのオプションとの対応は次のようになります。(source codeをもとに作成)

引数コマンドオプションデータ型デフォルト値説明
query-query
query_loc-query_loc
db-db
evalue-evalue
word_size-word_size
soft_masking-soft_masking
lcase_masking-lcase_masking
gilist-gilist
negative_gilist-negative_gilist
seqidlist-seqidlist
negative_seqidlist-negative_seqidlist
entrez_query-entrez_query
qcov_hsp_perc-qcov_hsp_perc
max_target_seqs-max_target_seqs
dbsize-dbsize
searchsp-searchsp
max_hsps_per_subject-max_hsps_per_subject
max_hsps-max_hsps
sum_statistics-sum_statistics
sum_stats-sum_stats
xdrop_ungap-xdrop_ungap
xdrop_gap-xdrop_gap
xdrop_gap_final-xdrop_gap_final
window_size-window_size
import_search_strategy-import_search_strategy
export_search_strategy-export_search_strategy
num_threads-num_threads
remote-remote

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