_NcbiblastCommandline クラス (Bio.Blast.Applications モジュール)
class _NcbiblastCommandline(_NcbibaseblastCommandline)
継承関係：Application.AbstractCommandline → _NcbibaseblastCommandline → _NcbiblastCommandline
NCBI BLAST+のラッパーのコマンドラインオブジェクトのための基底クラスです。
特殊メソッド
__init__(cmd=None, **kwargs)
**kwargsに指定する引数とBLASTコマンドのオプションとの対応は次のようになります。(source codeをもとに作成)
| 引数 | コマンドオプション | データ型 | デフォルト値 | 説明 |
|---|---|---|---|---|
| query | -query | |||
| query_loc | -query_loc | |||
| db | -db | |||
| evalue | -evalue | |||
| word_size | -word_size | |||
| soft_masking | -soft_masking | |||
| lcase_masking | -lcase_masking | |||
| gilist | -gilist | |||
| negative_gilist | -negative_gilist | |||
| seqidlist | -seqidlist | |||
| negative_seqidlist | -negative_seqidlist | |||
| entrez_query | -entrez_query | |||
| qcov_hsp_perc | -qcov_hsp_perc | |||
| max_target_seqs | -max_target_seqs | |||
| dbsize | -dbsize | |||
| searchsp | -searchsp | |||
| max_hsps_per_subject | -max_hsps_per_subject | |||
| max_hsps | -max_hsps | |||
| sum_statistics | -sum_statistics | |||
| sum_stats | -sum_stats | |||
| xdrop_ungap | -xdrop_ungap | |||
| xdrop_gap | -xdrop_gap | |||
| xdrop_gap_final | -xdrop_gap_final | |||
| window_size | -window_size | |||
| import_search_strategy | -import_search_strategy | |||
| export_search_strategy | -export_search_strategy | |||
| num_threads | -num_threads | |||
| remote | -remote |