5月, 2020 | BioTech ラボ・ノート

公開日： 2020年5月31日 / 最終更新日： 2020年10月25日

塩基配列の操作【Python】

Biopythonでは配列データをSeqオブジェクトとして保持します。Seqオブジェクトとすることで、核酸配列の転写・翻訳などの遺伝子情報の操作に特有の操作を行うことが可能になります。

公開日： 2020年5月31日 / 最終更新日： 2020年7月1日

非エンジニア向けのMarkdown記法入門

Markdown(マークダウン)記法は文章を記述するときの方法の1つで、簡単な方法で見栄えの良い文章を作ることができます。Markdownはテキストファイルとして書いていきますが、テキストファイルのままでも読みやすく、文章の構造もはっきりさせることができるのがMarkdownの特徴です。そして、Markdownを正しく解釈できるアプリやサービスを使うと整った文章として表示することができます。

テキスト形式でありながら、文章の装飾も行うことができ、ちょっとしたメモなど応用範囲が非常に広いものなので、ぜひMarkdown記法を活用してみましょう。

公開日： 2020年5月30日 / 最終更新日： 2020年9月9日

非エンジニア向けのGitHub活用法 (特にライフサイエンス分野)

GitHubって聞いたことありますか？ソフトウェア開発をしている方なら常識でしょうが、非エンジニアにとっては全く知らない人が大多数だと思います。

GitHubとは、本来はソフトウェア開発におけるソースコード(＝プログラミング言語で書かれたソフトウェアのプログラムファイル)のバージョン管理サービスで、チームで運用するためのいろいろな便利なツールが付属しています。しかし、GitHubが管理してくれるのはソースコードだけではなくすべてのテキストファイルであり、GitHubは本質的にはテキストファイルのバージョン管理サービスです。

プログラミングはエンジニアだけの世界ですが、テキストファイルのバージョン管理となるとほかのすべての分野の人がかかわってきますよね。そうです、GitHubはエンジニアだけのものではなく、すべての人に必要なものなのです！(笑)

公開日： 2020年5月28日 / 最終更新日： 2021年3月19日

実験ノートの電子化 (電子ラボノート)

生物系に限らず研究者にとってはラボノート(実験ノート)は日々の研究の記録していく上で必須のものですよね？それは医者にとってのカルテのような存在で、単にデータをまとめるだけではなく時としては研究不正をしていないことを証明するためのものにもなり得ます。小保方さんのSTAP細胞疑惑の際は、ラボノートが十分でないことから小保方さんの主張は認められなかったことからもラボノートの重要性が分かります。

日本では手書きのラボノートを使われることが多いと思いますが、個人的には今の時代に手書きは何とかならないものかと思っています。

そこで、ここではラボノートの電子化についてまとめてみました。